aktuelle Lehrveranstaltungen (WS 06/07)
|
Gesamtübersicht
über alle Lehrveranstaltungen der Abteilung
-
|
Einführung in die Medizinische Informatik |
nach oben |
Studienrichtung: Bakkalaureatsstudium Med. Informatik , 2 VO
Zeit und Ort: Informationen
(auch zur VO-Prüfung) dazu finden Sie hier
Vortragende: Adlassnig KP, Dorda W, Schreiner W, gemeinsam mit Vortragenden der MUW
Inhalt :
Ziel der Lehrveranstaltung ist eine überblicksmäßige Darstellung des Fachgebietes.
Etwa die Hälfte der Lehrveranstaltung beleuchtet Teilbereiche der Medizinischen Informatik (z.B. Medizinische Informationssysteme, Medizinische Expertensysteme, Bioinformatik, etc.) in technischer Hinsicht. Dies entspricht dem Format allgemein üblicher Einführungsvorlesungen. Die hier angerissenen Inhalte werden im weiteren Studium durch Spezialveranstaltungen vertieft.
|
|
Projektpraktikum (mit Bakkalaureatsarbeit) |
nach oben |
Studienrichtung: Bakkalaureatsstudium Med. Informatik , 10 PR
Zeit und Ort: WS 06/07, Informationen
dazu finden Sie hier
Vortragende: Ass.-Prof. Dr. R. Karch
mögliche Themen : Inhalt:
- Implementierung von Modellen der Pharmakokinetik in MATLAP-GUIs
- Entwicklung eines WEB-Interfaces zur Auswertung von Punktmustern bei histologisch-morphologischen Studien
|
|
Methodische Grundlagen wissenschaftlicher Studien: Vorlesung
Medizinische Informatik (SSM3) |
nach oben |
Studienrichtung: Humanmedizin, 1,27 VO
Zeit und Ort: wird dieses Semester nicht angeboten
Vortragende: Univ.-Prof. Dr. Wolfgang Schreiner
Inhalt: Inhalt:
Bioinformatik und
Computersimulation als Werkzeuge der molekularen Medizin (Vorlesungsunterlagen)
Die Lehrveranstaltung
gibt einen Überblick über Webapplikationen zur Betrachtung
von Genomdaten.
- NCBI-Portale
für DNA, mRNA und Proteine: Nachvollziehen von Transkription,
Splicing und Translation anhand konkreter Beispiele.
- Einblick in
Polymorphismen (SNPs) sowie dadurch induzierte Krankheitsbilder
(Online-Mendelian Inheritance in Man)
- Einblick in
3D-Struktur von Proteinen und deren funktionelle Domänen.
- Modellierung
und Simulationsmethoden in der Medizin
- Modellbeispiele
aus der Pharmakokinetik mit konkreten Anwendungen
|
|
SSM3
für Studierende des neuen Medizin-Curriculum: Übung
Medizinische Informatik |
nach oben |
Studienrichtung: Humanmedizin, 0,27 SE + PR
Zeit und Ort: wird dieses Semester nicht angeboten
Vortragende: Univ.-Prof. Dr. Wolfgang Schreiner
Inhalt:
- Bioinformatik
als Werkzeug der molekularen Medizin anhand eines konkreten
Anwendungsbeispieles:
- Auffinden der
Aminosäuresequenz eines Proteins in der Datenbank
- Auffinden der
3D-Struktur
- Betrachten der
3D-Struktur in einem Molecular Viewer, Austesten verschiedener
Optionen für die Darstellung
- Einrichten einer
speziellen Darstellung zur Sichtbarmachung eines Mutations-Loku
|
|
SSM3
für Studierende des neuen Medizin-Curriculum: Praktikum
Medizinische Informatik |
nach oben |
Studienrichtung: Sonstige Lehrveranstaltungen, 6 SE
Zeit und Ort: wird dieses Semester nicht angeboten
Vortragende: Ass.
Prof. Dr. Rudolf Karch
Inhalt:
Methodische
Grundlagen bei der Anwendung von pharmakokinetischen
Modellen
|
|
Arbeitsgemeinschaft Computersimulation |
nach oben |
Studienrichtung: Sonstige Lehrveranstaltungen, 6 SE
Zeit und Ort: WS 2006/07, Informationen
dazu finden Sie hier
Vortragende: Univ.-Prof. Dr. Wolfgang Schreiner, Prof. Dr. Martin Neumann
Inhalt:
- Molekulardynamik
für immunologische Fragestellungen:
- pMHC-Komplexe
- Lipid Rafts
- Computational
Modeling of T-Cell Adaptive Immune Response
- 3D-Visualisierung
von Gefäßbäumen
- Modellierung
des venösen Lungengefäßbaumes
- Variable Verzweigungsgesetze
in optimierten Gefäßbäumen
- User-Interface
zur Spezifikation von Koronar- und Ventrikelmodellen aus
dem Bildmaterial mehrerer Modalitäten
|
|
Publikationsworkshop:
Strategie und Vorgangsweise bei der Erstellung wissenschaftlicher
Publikationen |
nach oben |
Studienrichtung: Sonstige Lehrveranstaltungen, 3 SE
Zeit und Ort: WS 06/07, Informationen
dazu finden Sie hier
Vortragender: Univ.-Prof. Dr. Wolfgang Schreiner
Inhalt:
Die Veranstaltung
richtet sich an Teilnehmer (Studenten, Mitarbeiter), die einen
Einstieg in die Publikation technischer oder wissenschaftlicher
Ergebnisse planen.
|
|
Seminar aus Computersimulation
und Biometrie |
nach oben |
Studienrichtung: Magisterstudium
Med. Informatik, 2 SE
Zeit und Ort: wird dieses Semester nicht angeboten
Vortragende: Univ.-Prof. Dr. Wolfgang Schreiner, Ass.-Prof.
Dr. Rudolf Karch
Beispiele für
Themen:
- Biologische
Rhythmen
- Compartmentmodelle
zur Simulation physiologischer Systeme
- CellML, eine
Sprache zur Beschreibung biologischer Modelle
- Modellierung
und Simulation zellulärer Signalkaskaden
- Modelle des
Glucose-Insulin Systems
- Computersimulation
in der Epidemiologie
- Simulation von
Motorproteinen
- Systems Biology
Markup Language
- JEMBOSS: Konzepte
der JAVA-Bibliothek für Bioinformatik
- Protein Struktur
Datenbank
- The Virtual
Cell: Theoretische Grundlagen und Implementierung
- Untersuchung
des Verhaltes von einfachen statistischen Tests bei unterschiedlichen
Verteilungen simulierter Daten
|
|
Wissenschaftliche
Arbeiten in Medizinischer Informatik |
nach oben |
Studienrichtung:
Sonstige Lehrveranstaltungen, 2 SE
Zeit und Ort: ---
Vortragender: Univ.-Prof. Dr. Wolfgang Schreiner
Inhalt:
Die Themen werden aus der jeweils aktuellen
Forschungarbeit der Abteilung entwickelt und umfassen weiterführende
Analysen, die auf laufenden Projekten aufbauen. Die Bearbeitung
dieser in sich geschlossenen Fragestellungen erfordert jeweils
einige Tage bis Monate. Zusätzlich laufen Vorarbeiten
zur Computersimulation im Zusammenhang mit Genomforschung,
insbesondere betreffend Angiogenese.
Themenbeispiele:
- Heterogenität
der Lungenperfusion
- IT-Evaluation:
Genlokation im Genom und Microarray
- IT-Evaluation:
Zugriff auf die Informationen der Proteindatenbank
- Verwendung von
GeneSpring für Clusteranalyse von Proteomics Daten
|
|
Computersimulation
in der Medizin |
nach oben |
Studienrichtung: Magisterstudium
Med. Informatik, 2 VD
Zeit und Ort: ---
Vortragender: Ass.-Prof. Dr. Rudolf Karch
Inhalt:
- Einführung
in MATLAB (Simulink)
- Modellierung
& Simulation physiologischer Systeme:
- Transportprozesse
- Zellphysiologie
- Glukose-Insulin-System
und Diabetes
- Biologische
Rhythmen
- Sinnesorgane
- Pharmakokinetische
Modelle
|
|
Bioinformatik |
nach oben |
Studienrichtung: Magisterstudium
Med. Informatik, 2 VO
Zeit und Ort: wird dieses Semester nicht angeboten
Vortragender: Prof. Dr. Wolfgang Schreiner
Inhalt:
Ausgewählte Kapitel aus folgenden Themenbereichen
- Arbeitsgebiete
der Bioinformatik: Überblick
- Molekularbiologische
Grundlagen der Bioinformatik
- Genexpression
betrachtet durch Webapplikationen
- Sequence Alignment
- Genetische Algorithmen
- Monte Carlo-Verfahren
in der Bioinformatik
- Konzept und
Softwarelösungen für die Verarbeitung von DNA-Microarray
|
|
Scientific Computing
[Sprachen und Werkzeuge, grundlegende Algorithmen] |
nach oben |
Studienrichtung:
Diplomstudium Physik, 4 VO+UE
Zeit und Ort: wird dieses Semester nicht angeboten
Vortragende: Prof. Dr. Martin Neumann, Ass.-Prof.
Dr. Rudolf Karch
Inhalt:
Scientific Computing
(naturwissenschaftliches Rechnen) ist einerseits eine fächerübergreifende
Spezialdisziplin, die sich mit der computergestützten
Behandlung analytisch nicht lösbarer Probleme bzw. der
Simulation mathematisch formulierter Modelle befaßt,
andererseits gehören die Kenntnis der grundlegenden numerischen
Verfahren sowie die Fähigkeit zum sinnvollen Einsatz
von Computern heute zur naturwissenschaftlichen Allgemeinbildung.
In dieser für Interessenten aller naturwissenschaftlichen
und medizinisch-technischen Studienrichtungen gedachten Einführung
werden daher sowohl ein Überblick über einfache
numerische Verfahren gegeben als auch eine Reihe von Werkzeugen
vorgestellt, mit deren Hilfe diese Algorithmen implementiert
sowie die erzielten Ergebnisse analysiert und präsentiert
werden können - also die typischen Hilfsmittel, die für
die Abfassung eines Praktikumsprotokolls oder einer Diplomarbeit
benötigt werden.
Die Veranstaltung
ist (PC)Unix-orientiert (Linux) und stützt sich weitgehend
auf Software aus dem Public Domain. Es werden folgende Themen
behandelt
- Einführung
in das Betriebssystem
- Überblick
und Vergleich von Programmiersprachen
- Skriptsprachen
- Zeichnungen
und Graphiken
- naturwissenschaftliche
Textverarbeitung
An einfachen numerischen
Verfahren werden u.a. besprochen
- Integration
- gewöhnliche
und einfach(st)e partielle Differentialgleichungen
- lineare Gleichungssysteme
- nichtlineare
Gleichungen
- Fourieranalyse
- Ausgleichsprobleme
- Monte Carlo
- einfache Simulationen
siehe auch http://www.exp.univie.ac.at/sc/
|
|
Privatissimum für
DiplomandInnen u. DissertantInnen |
nach oben |
Studienrichtung:
Sonstige Lehrveranstaltungen,, 2 SE
Zeit und Ort: WS 06/07, Informationen
dazu finden Sie hier
Vortragende: Prof. Dr. Wolfgang Schreiner, Prof.
Dr. Martin Neumann
Inhalt:
- Molekulardynamik
für immunologische Fragestellungen (pMHC-Komplexe)
- Computational
Modeling of T-Cell Adaptive Immune Response
- 3D-Visualisierung
von Gefäßbäumen
- Modellierung
des venösen Lungengefäßbaumes
- Variable Verzweigungsgesetze
in optimierten Gefäßbäumen
- User-Interface
zur Spezifikation von Koronar- und Ventrikelmodellen aus
dem Bildmaterial mehrerer Modalitäten
- Geometrische
Optimierung von Gefäßverläufen in 3 Dimensionen,
inklusive der Aussparung im Falle konkaver Gewebsareale
(Hohlorgane)
|
|
Publikationsworkshop:
Strategie und Vorgangsweise bei der Erstellung wissenschaftlicher
Publikationen (postgraduell) |
nach oben |
Zeit und
Ort: --
Vortragende: Prof. Dr. Wolfgang Schreiner
Inhalt:
Die Veranstaltung
richtet sich an postgraduelle Teilnehmer, die den Einstieg
in die Forschungs- und Publikationstätigkeit planen.
Im Anschluss an eine Präsentation zum Thema wird die
Umsetzung anhand konkreter Beispiele geübt, die von den
Teilnehmern eingebracht werden können: Erstellen konkreter
Themenformulierungen, Textgliederungen und ToDo-Lists.
Es erfolgen Hinweise auf Lehrveranstaltungen und Support-Leistungen
des IMC zur Informatik-Unterstützung und Statistischen
Analyse..
- Arten von Publikationen,
Qualitätsstandards und -bewertung
- Formulierung
publikationswürdiger Arbeitsziele, Herausgreifen solcher
aus größeren Projekten
- Strategie bei
der Auswahl von Titel, Journal, Stil der Formulierung in
Abstimmung auf den adressierten Leserkreis
- Kriterien für
die Literatursammlung auf dem eigenen Forschungsgebiet:
Literatursuche, inhaltliche Bewertung, Notes, Keywords,
etc.
- Inhaltliche
Vorgangsweise bei der Manuskriptplanung und -Erstellung
- Interpretation,
Bewertung und Reaktion betreffend die Gutachter
- Überarbeitung
von Manuskripten, Dialog mit Editor und Gutachtern
Für MitarbeiterInnen
der Medizinischen Universität Wien ist die Teilnahme
kostenlos.
Externe TeilnehmerInnen: € 150,-
Das Seminar ist mit 6 Fortbildungspunkten (Freie Fortbildung)
für das DFP der ÖÄK anrechenbar.
|
|
Seminar (mit
Bakkalaureatsarbeit) |
nach oben |
Studienrichtung: Bakkalaureatstudium
Med. Informatik, 3 SE
Zeit und Ort: WS 06/07, Informationen dazu finden
Sie hier
Vortragende: Prof. Dr. Wolfgang Schreiner
Inhalt:
Das Seminar dient
zur Vorbereitung und Umsetzung von Teilprojekten aus folgenden
Bereichen:
- Visualisierung
und interaktive Bearbeitung von kardiovaskulären Modellen
- Simulation und
Visualisierung im Bereich Immunoinformatik
- 3D- und Stereovisualisierung
von Immunmolekülen mit Manipulationsmöglichkeit
über haptische Devices
Die Darstellung
der Projektergebnisse sind Inhalt der Bakkalaureatsarbeit.
|
|
Seminar (mit
Bakkalaureatsarbeit) |
nach oben |
Studienrichtung: Bakkalaureatstudium
Med. Informatik, 3 SE
Zeit und Ort: --
Vortragende: Ass.-Prof. Dr. Rudolf Karch
Inhalt:
Modellierung und
Simulation physiologischer Systeme mit MATLAB und SIMULINK
Literatur:
- Michael C. K.
Khoo, Physiological Control Systems, IEEE Press, 2000.
Programme zum Download: ftp://ftp.ieee.org/uploads/press/Khoo
- James W. Haefner,
Modeling Biological Systems, Chapman & Hall, 1996.
- Software zur
Simulation von Kompartment-Modellen: http://www.saam.com/
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
MSIIS, Biosimulation und Bioinformatik, last updated on
|