| Michael Freissmuth | 1995 | Billroth-Preis
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| Michael Freissmuth | 1999 | Novartis Preis für Medizin
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| Michael Freissmuth | 1999 | Preis der Nuklearmedizinischen Gesellschaft
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| Christoph Höller | 1997 | Auerswaldpreis für Dissertation
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| Markus Seidl | 1996 | Auerswaldpreis für Dissertation
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| Markus Seidl | 1999 | Billroth Preis
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| Johannes Todt | 1999 | Kulturpreis der Niederösterreichischen Landesregierung
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| Maria Waldhör | 1999 | Salzburg, Sacklerpreis für Dissertationen
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| Stefan Böhm | 1996 | Hoechst Preis
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| Stefan Böhm | 1997 | Niederösterreichischer Wissenschaftspreis
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| Stefan Böhm | 1999 | Otto Loewi Preis
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| Hubert Wiener | 1997 | Teacher of the year
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| Karl-Heinz Hilber | 1995 | Salzburg, Sacklerpreis für Dissertationen
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| Karl-Heinz Hilber | 2002 | Aventis-Preis
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| Markus Klinger | 2000 | Aventis-Preis
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| Veronika Sexl | 2003 | Förderungspreis für innovative interdisziplinäre Krebsforschung
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| Wolfgang Schütz | 2003 | Goldenes Ehrenzeichen für Verdienste um das Land Wien
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| Ilse Wolner | 2004 | Auerswaldpreis für Dissertation
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| Julia Sacher | 2004 | Auerswaldpreis für Dissertation
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| Eva Weisz | 2004 | MTA-Preis der Österreichischen Gesellschaft für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin
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| Eva Weisz | 2004 | Sysmex Scientific Awards, Internat. Federation of Biomedical Laboratory Science
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| Veronika Sexl | 2004 | Billroth-Preis
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| Veronika Sexl | 2004 | Förderungspreis für innovative interdisziplinäre Krebsforschung
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| Hesso Farhan | 2004 | Preis der Firma Zak Pharma GesmbH
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| Dagmar Stoiber | 2005 | Sanofi-Aventis-Preis
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| Stefan Seidel | 2005 | Hans Horst Meyer-Preis
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| Veronika Sexl | 2005 | Förderungspreis für innovative interdisziplinäre Krebsforschung
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| Veronika Sexl | 2005 | Novartis Preis für Medizin
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| Csaba Szegdi | 2006 | Theodor Körner Fonds
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| Ingrid Gsandtner | 2006 | Hans Horst Meyer-Preis
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| Andrea Hölbl | 2006 | Hans Horst Meyer-Preis
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| Harald Sitte | 2006 | Teacher of the month, MUW
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| Harald Sitte | 2007 | Otto Loewi-Preis
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| Harald Sitte | 2007 | Novartis Preis für Medizin
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| Stefan Böhm | 2008 | 1.Preis der Österreichischen Schmerzgesellschaft
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| Eva-Maria Zebedin | 2008 | Hans Horst Meyer-Preis
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| Ali El-Kasaby | 2009 | APHAR-Preis für beste Posterpräsentation
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| Christina Glöckel | 2009 | APHAR-Preis für beste Posterpräsentation
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| Xaver König | 2009 | APHAR-Preis für beste Posterpräsentation
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| Klaus Schicker | 2009 | APHAR-Preis für beste Posterpräsentation
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