Bei einer Allergie kommt es zu einer Reaktion der körpereigenen Abwehr (des Immunsystems). Der Körper überreagiert auf einen ungefährlichen Fremdstoff (Allergen, beispielsweise ein Nahrungsbestandteil) und bildet die sogenannten IgE Antikörper. Man spricht von einer immunologischen Reaktion. Die Beschwerden können vom leichten Jucken, Brennen und Schwellungen im Mundraum bis zum lebensbedrohlichen Kreislaufversagen im anaphylaktischen Schock reichen.
Bei einer Intoleranz ist das körpereigene Abwehrsystem nicht beteiligt. Es kommt daher zu keiner immunologischen Reaktion. Im Falle der Intoleranz hat der Körper nicht genug von bestimmten Enzymen oder Transportproteinen, um bestimmte Bestandteile der Nahrung, wie beispielsweise Laktose, Fruktose und Histamin abzubauen oder in den Körper aufzunehmen. Die Beschwerden können mit Durchfällen, Bauchschmerzen und Blähungen sehr unangenehm und lebenseinschränkend sein.