Ein Risikofaktor für die Entwicklung einer Nahrungsmittelallergie ist die Behinderung der Allergen-Verdauung im Magen-Darm-Trakt (z.B. durch Medikamente, die den Magen-pH erhöhren). Dadurch werden Eiweiße aus der Nahrung nicht oder nur vermindert abgebaut und ungespaltene Eiweiße gelangen in den Dünndarm. Immunzellen erkennen diese als „fremd“ und werden aktiviert (Sensibilisierung).
Nahrungsmittelallergien gehen häufig auch mit einer gestörten Darmbarriere, einem sogenannten „undichten Darm“, einher. Dadurch gelangen größere Antigen-Mengen aus der Nahrung in den Körper und werden vom Immunsystem als „fremd“ erkannt (Sensibilisierung).
Bei erneutem Kontakt mit demselben Nahrungsbestandteil kann eine allergische Reaktion hervorgerufen werden (immunologisches Gedächtnis).