Auf dem Gebiet der seltenen Erkrankungen besteht eine aktive Zusammenarbeit zwischen der MedUni Wien und der Gesundheit Österreich GmbH. Diese Kooperation im Rahmen der Nationalen Koordinationsstelle für seltene Erkrankungen widmet sich unter anderem der Erarbeitung von Planungsgrundlagen für ein österreichweites integriertes medizinisches Versorgungssystem für Patienten mit seltenen Erkrankungen ("orphan diseases"). Die MedUni Wien wird in diesem Kooperationsprojekt durch Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des KIN federführend vertreten.