Nach einem Forschungsaufenthalt am Institute of Psychiatry, Kings College, London hat er sich mit der Diagnostik der Rückfallsprophylaxe bei schizoaffektiven Psychosen beschäftigt und 1987 zu diesem Thema habilitiert. Von 1991 bis 1993 leitete er interimistisch die Klinische Abteilung für Allgemeine Psychiatrie.
Neben dem Themenkomplex schizoaffektiver Erkrankungen führte er Studien zu zahlreichen anderen Themen durch wie Psychopathologie und Verlaufsforschung von Psychosen, Behandlung therapieresistenter Depressionen, von Zwangsstörungen und bipolaren Störungen. Weitere Themen seiner Studien waren die psychiatrische Rehabilitation und vor allem die Verhaltenstherapie.
Gerhard Lenz war einer der ersten in Europa, der auch Untersuchungen zur Facharztweiterbildung durchführte und dazu wissenschaftlich publizierte. Durch seine Arbeiten hat er wesentlich dazu beigetragen, dass die Psychotherapie ein integraler Bestandteil der Facharztausbildung wurde. Neben zahlreichen Zeitschriftenpublikationen veröffentlichte er mehrere Bücher, von denen einige zu Standardwerken in der studentischen Lehre wurden. Mitte der 2000er Jahre baute er das Doktoratsprogramm „Mental Health and Behavioural Medicine“ der MedUni Wien auf, das bis heute höchst erfolgreich junge WissenschaftlerInnen ausbildet.