Werner Horn beendete 1977 sein Informatikstudium an der Technischen Universität Wien und Universität Wien als Diplomingenieur. Er promovierte 1983 zum Doktor der technischen Wissenschaften an der Technischen Universität Wien mit einer Dissertation über Medizinische Expertensysteme.

Im Jahr 1981 gründete er gemeinsam mit Kollegen die Österreichische Gesellschaft für Artificial Intelligence (ÖGAI), Er war von 1985 bis 2010 Vizepräsident der Österreichischen Studiengesellschaft für Kybernetik. Von 2004 bis 2008 war er Präsident der European Coordinating Committee on Artificial Intelligence (ECCAI), heute European Association for Artificial Intelligence (EurAI), der Dachorganisation aller Europäischen Artificial Intelligence Gesellschaften. Für seine Tätigkeit im Bereich der Artificial Intelligence und seine Leistungen für die Europäische AI Gemeinschaft wurde Werner Horn als Fellow der EurAI ausgezeichnet.

Er war Mitglied der Programmkomitees bzw. Advisory Boards der European Conferences on Artificial Intelligence (ECAI) und der Artificial Intelligence in Medicine (AIME) Conferences, sowie eine Reihe weiterer Artificial Intelligence-Konferenzen. Er war Tagungsleiter der 10th European Conference on Artificial Intelligence (ECAI-92), Publicity Chair der Fourth and Fifth International Conference on Principles of Knowledge Representation and Reasoning (KR-94, KR-96), Tutorial Chair der ECAI-96 (Budapest), Area Chair der ECAI-98 (Brighton), Program Chair der Joint European Conference on Artificial Intelligence in Medicine and Medical Decision Making (AIMDM'99) in Aalborg, Dänemark, und Program Chair der ECAI-2000 (Berlin).