Das Institut für Gerichtliche Medizin Wien zählt zu den ältesten Gerichtsmedizinischen Instituten weltweit. Das Fach ist aus der sogenannten "Staatsarzneykunde" des ehemaligen Direktors des Allgemeinen Krankenhauses Wien, Johann Peter Frank, hervorgegangen. Der deutsche Kaiser Franz II (1792 – 1806), zugleich Kaiser Franz I von Österreich (1804 – 1835), schuf am 21. Juli 1804 eine eigene Lehrkanzel für Staatsarzneykunde, auf die mit allerhöchster Entschließung vom 24. Februar 1805 als Lehrkanzel für Gerichtliche Medizin Dr. Ferdinand Eberhard Vietz als Vorstand berufen wurde. Vietz erhielt den Auftrag sowohl medizinische als auch juristische Vorlesungen zu halten und somit wurde Gerichtliche Medizin ein eigenes Prüfungsfach an der medizinischen und der juridischen Fakultät.
Bereits im Jahr 1532 schrieb die "Peinliche Halsgerichtsordnung" (Constitutio Criminalis Carolina) Karls V. die Zuziehung von Ärzten bei der Beurteilung von medizinischer Fragen in der Rechtsprechung vor.
1768 wurde die Theresiana (Constitutio Criminalis Theresiana) für alle österreichischen Erblande geschaffen. Die Totenbeschau wurde am 30. März 1770 eingeführt. Die Totenbeschauer mussten von der medizinischen Fakultät geprüft sein.
Nach der Errichtung des Allgemeinen Krankenhauses (AKH) in Wien Alsergrund im Jahr 1784 waren die behördlichen Leichenöffnungen den beiden jüngsten Wundärzten des Spitals übertragen worden. Gemeinsam mit dem Stadtwundarzt bildeten sie eine Kommission, wobei der Stadtwundarzt die eigentliche Sektion durchführte.
1808 wurde die Verordnung erlassen, dass der Professor für Gerichtliche Arzneykunde die Oberleitung der Obduktionen übernehmen sollte, bei denen auch Studenten beiwohnen durften. Ab 1812 wurden alle gerichtlichen Obduktionen aus der Stadt und den Vorstädten im AKH durchgeführt.
Der zweiten Vorstand der Lehrkanzel Josef Bernt errichtete eine praktische medizinisch-gerichtliche Unterrichtsanstalt mit Sezierraum und Amphitheater zur Obduktion.
Mit der Errichtung des Amphitheaters war der Grundstein zum Wiener Institut für Gerichtliche Medizin gelegt. 1815 wurde Bernt als Beschaumeister vom Magistrat vereidigt und wurde im heutigen Sinne Sachverständiger. Bernt blieb bis 1842 im Amt.
Seine Nachfolger waren Jakob Kolletschka (1843 – 1847) und Johann Dlauhy ( 1848 – 1875).
Dlauhy übersiedelte gemeinsam mit Carl Freiherr von Rokitansky 1862 in das neu errichtete einstöckige Leichenhofgebäude, im Volksmund "Indagandishof" genannt. Im Nordflügel des 1. Stockes befanden sich die Arbeitsräume mit einem chemischen Laboratorium sowie ein Museum, im Erdgeschoss der gerichtliche Sektionsraum, die gerichtliche Beisetzungskammer und ein Kommissionszimmer.
Sein Nachfolger war Eduard Ritter von Hofmann, der die Lehrkanzel von 1875 bis zu seinem Tod im Jahre 1897 inne hatte. Gleichzeitig erfolgte eine Trennung von Gerichtlicher Medizin und Hygiene. Hofmann integrierte die gerichtlichen und sanitätspolizeilichen Leichenöffnungen im gerichtsmedizinischen Bereich. Während seiner Amtszeit gab es eine bauliche Erweiterung des Gerichtsmedizinischen Institutes, indem dem Pathologischen Institut 1883 ein 2.Stock aufgesetzt und ein Hörsaalanbau geschaffen wurde. Die Arbeitsräume wurden in den Südflügel des 1. Stockes, das Museum in den 2. Stock verlegt. In der südlichen Hälfte waren der Hörsaal, der Sektionsraum für Gerichtsmediziner und das Laboratorium untergebracht. Hofmann schrieb das bedeutendste Lehrbuch für Gerichtliche Medizin, das 1878 erstmals erschien. Es blieb bis heute (11. Auflage von Albin Haberda, 1927) ein Standardwerk und wurde ins Französische, Italienische, Spanische und Russische übersetzt.
In Hofmanns Amtszeit fiel der Tod des Kronprinzen Rudolf am 30. Jänner 1889 und die Untersuchung des Ringtheaterbrands am 8. Dezember 1881, dem über 400 Menschen zum Opfer fielen. Aufgrund der tragischen Ereignisse am 8. Dezember 1881 wurde die Wiener Freiwillige Rettungsgesellschaft gegründet. Das Unglück erbrachte wichtige Erkenntnisse für die gerichtliche Medizin: bei Verbrennungen können Rauchgasvergiftungen zum Tod führen. Außerdem wurde der Nachweis erbracht, dass Kohlenmonoxid (CO) einen sicherer Beweis dafür ist, dass jemand lebendig verbrannt ist. Bei der Untersuchung der Leichen wurden bereits moderne Methoden der Agnoszierung, wie beispielsweise die Ermittlung des Zahnstatus, verwendet.
Nach dem Tod Hofmanns erhielt der pathologischer Anatom Alexander Kolisko die Lehrkanzel. Er widmete sich vorwiegend der Pathologie des plötzlichen Todes und überließ die kriminalistische Seite des Faches, die Tätigkeit bei Gericht und die Vorlesung für Juristen seinem ersten Assistenten Albin Haberda. Als 1916 die Lehrkanzel für pathologische Anatomie frei wurde, kehrte Kolisko dorthin zurück und Haberda wurde primo et unico loco auf die Lehrkanzel für Gerichtliche Medizin berufen.
Nach dem 1. Weltkrieg wurde 1922 mit dem Freiwerden des nördlich angrenzenden Militärpathologischen Institutes des Garnisonsspitals die bauliche Erweiterung des Instituts möglich. Seitdem befindet sich das Institut in der Sensengasse 2.
Nach Haberda supplierte vorerst Anton Werkgartner, als Nachfolger wurde Fritz Reuter berufen, der 1938 aus politischen Gründen seines Amtes enthoben wurde und erst 1945 wieder rehabilitiert an die Universität zurückkehren konnte. Reuter richtete ein institutseigenes Chemielaboratorium ein. Reuters Nachfolger war 1946 sein ehemaliger erster Assistent Walter Schwarzacher, der das Heidelberger Institut geschaffen hat.
Als Schwarzachers Nachfolge folgte Leopold Breitenecker von 1958 bis 1973. Unter Breitenecker fand eine Generalsanierung des alten Gebäudebestandes statt, an den Seitentrakten wurde ein weiteres Stockwerk aufgesetzt, durch einen Zubau im Zuge der Sensengasse wurde ein neues Laboratoriumsgebäude geschaffen. Er richtete zwei neue Abteilungen ein: die Serologie und die Anthropologie. Ferner gab er dem Gerichtsmedizinischen Museum eine endgültige Heimstätte im denkmalgeschützten Zentraltrakt des Hauptgebäudes.
Die Entstehung der Präparatesammlung geht auf J. P. Frank zurück. 1796 erschien auf Franks Bestreben eine Verordnung, gemäß welcher die Ärzte des AKH jedes Präparat an das Pathologie-Anatomische Museum (im damaligen Institut für Pathologie) abzuliefern hatten. 1875 übernahm Hofmann sein Lehramt in Wien. Ihm gelang es, die gerichtsmedizinischen Präparate aus dem Verband der Pathologischen Sammlung herauszulösen und ein eigenständiges Museum zu schaffen. Seit 1922 befindet sich das Museum im Institutsgebäude der Gerichtsmedizin in der Sensengasse 2. Das Museum beherbergt mehr als 2000 Präparate, die vorwiegend bei sanitätspolizeilichen und gerichtlichen Leichenöffnungen gewonnen worden sind. Eine Sammlung von Tatwerkzeugen, von primitiven Waffen der früheren Jahrzehnte bis hin zu neuesten Waffen, verschafft einen guten Überblick über die Kriminalgeschichte der letzten hundert Jahre. Viele bekannte Kriminalfälle sind durch Präparate vertreten, wie z.B. die Feile, mit der Kaiserin Elisabeth in Genf am 10. September 1898 ermordet wurde.
1973 folgte auf Breitenecker sein Schüler Wilhelm Holczabek, der die Lehrkanzel bis 1989 führte. Holczabek war auch über 3 Jahre Dekan der medizinischen Fakultät, 4 Jahre Rektor der Universität Wien und Ehrensenator der Universität Wien.
Von 1989 – 2003 war Georg Bauer provisorischer Vorstand des Instituts. Er etablierte die Molekularbiologie (DNA-Labor) am Institut.
2004 wurde Manfred Hochmeister zum Institutsvorstand des Department für Gerichtliche Medizin der Medizinischen Universität Wien berufen. Von seinen Plänen für die Zukunft des Institutes wurde die Schaffung des akkreditierten DNA-Zentrallabors Wien umgesetzt, der von ihm angestrebte Neubau der Gerichtsmedizin wurde nicht realisiert.
Von 2005 bis 2009 wurde das Department für Gerichtliche Medizin von Hans Goldenberg (Vorstand des Institutes für Medizinische Chemie) geleitet.
Seit 01.04.2010 ist Daniele U. Risser, der am 15.03.2010 zum Professor für Gerichtsmedizin berufen wurde, mit der Leitung des Departments für Gerichtsmedizin (DGM) betraut. Im Sommer 2010 wurde die Generalsanierung des Obduktionstraktes abgeschlossen und der reguläre Obduktionsbetrieb in der Sensengasse 2 nach einer mehrjährigen Auslagerung in Spitäler des Wiener Krankenanstaltenverbundes wieder aufgenommen.
