Als universitäres Zentrum in einem Zentralkrankenhaus (AKH Wien) verteilen sich die Aufgaben an der Universitätsklinik für Frauenheilkunde auf die drei Bereiche Forschung, Lehre und Klinik.
Die Klinik ist ein nationales, aber auch internationales Referenzzentrum, dessen Ziel es ist, Leistungen auf höchstem Niveau zu erbringen, um einerseits eine optimale Patientinnenbetreuung und Forschung auf Top-Niveau, aber auch die Umsetzung der Lehre nach dem neuen, innovativen Curriculum an der MedUni Wien zu gewährleisten.
Die Universitätsklinik für Frauenheilkunde gliedert sich in folgende Abteilungen: Klinische Abteilung für Geburtshilfe und feto-maternale Medizin, Klinische Abteilung für Allgemeine Gynäkologie und gynäkologische Onkologie, Klinische Abteilung für Gynäkologische Endokrinologie und Reproduktionsmedizin, Senologie sowie Abteilung für Lehre und postgraduelle Ausbildung.