Das Rektorat ist für die Geschäftsführung der MedUni Wien zuständig. Es besteht aus dem Rektor und vier VizerektorInnen.
Dem Senat gehören 13 Vertreter der Universitätsprofessoren, 6 Vertreter der Universitätsdozenten sowie wissenschaftlichen Mitarbeiter im Forschungs- und Lehrbetrieb, eine Vertreterin des allgemeinen Universitätspersonals und 6 Vertreter der Studierenden an.
Der Universitätsrat erfüllt neben dem Senat eine zentrale Leitungsaufgabe. Er setzt sich aus fünf Mitgliedern zusammen.
