Das Rektorat ist für die Geschäftsführung der MedUni Wien zuständig. Es besteht aus dem Rektor und vier Vizerektor:innen.
Dem Senat gehören 13 Vertreter:innen der Universitätsprofessor:innen, sechs Vertreter:innen der Universitätsdozent:innen sowie wissenschaftlichen Mitarbeiter:innen im Forschungs- und Lehrbetrieb, ein:e Vertreter:in des allgemeinen Universitätspersonals und sechs Vertreter:innen der Studierenden an.
Der Universitätsrat erfüllt neben dem Senat eine zentrale Leitungsaufgabe. Er setzt sich aus fünf Mitgliedern zusammen.
