An der Medizinischen Universität Wien gewährleistet eine Reihe von Gremien die Möglichkeit zur universitären Mitbestimmung und die Vertretung der Interessen der Mitarbeiter:innen.
Universitätsrat und Senat nehmen im Rahmen der Universitätsleitung verschiedene Aufgaben wahr. Betriebsräte, der Arbeitskreis für Gleichbehandlungsfragen, der Behindertenbeirat und die Datenschutzkommission sowie die Universitätsvertretung (ÖH) vertreten die Interessen von Mitarbeiter:innen und Studierenden. Die Ethikkommission gewährleistet hohe ethische Standards bei der Durchführung klinischer Studien.