An der Medizinischen Universität Wien gewährleistet eine Reihe von Gremien die Möglichkeit zur universitären Mitbestimmung und die Vertretung der Interessen der MitarbeiterInnen.
Universitätsrat und Senat nehmen im Rahmen der Universitätsleitung verschiedene Aufgaben wahr. Betriebsräte, der Arbeitskreis für Gleichbehandlungsfragen, der Behindertenbeirat und die Datenschutzkommission sowie die Universitätsvertretung (ÖH) vertreten die Interessen von MitarbeiterInnen und Studierenden. Die Ethikkommission gewährleistet hohe ethische Standards bei der Durchführung klinischer Studien.