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Aktuelles Paper unterstreicht die Bedeutung der MIQE-Richtlinien bei der quantitativen Real Time PCR

(Wien, 02-12-2013) Die Bedeutung der so genannten MIQE-Guidelines bei der quantitativen Real Time PCR (qPCR) zur Detektion und Quantifizierung von Nukleinsäuren unterstreicht ein aktuelles Paper in „Nature Methods“, an dem auch der MedUni Wien-Forscher Stefan Tögel von der Universitätsklinik für Orthopädie maßgeblich mitgewirkt hat.

Die MIQE-Richtlinien wurden 2009 von einer Gruppe internationaler WissenschafterInnen aufgesetzt, um die Qualität, Richtigkeit, Überprüfbarkeit und Zuverlässigkeit gewonnener qPCR-Ergebnisse im Labor und in der wissenschaftlichen Literatur zu steigern. Tögel: „Die quantitative Real Time PCR zählt zu den am häufigsten verwendeten molekularbiologischen Methoden.“ Die qPCR wird in der Grundlagenforschung ebenso eingesetzt wie in der Entwicklung von Pharmazeutika oder bei der Erkennung von Erbkrankheiten oder Virusinfektionen.

Die qPCR wurde in den 1990er-Jahren erstmals eingesetzt. Ihr wird eine schnelle und einfache Durchführbarkeit und eine unkomplizierte Anwendung nachgesagt. Unter dem Druck des „schnellen“ Veröffentlichens wird diese Methode aber nachgewiesener Maßen ungenau dokumentiert, sodass in Publikationen, auch in Top-Journalen, essenzielle Informationen fehlen, die es erlauben würden, die wissenschaftliche Qualität der dargestellten Resultate objektiv und kritisch sowie vergleichend zu bewerten oder das Experiment zu wiederholen.

MIQE-Kriterien machen die qPCR-Methodik transparent
Demzufolge hat qPCR-Experte Stephen Bustin 2009 die MIQE-Richtlinien präsentiert, sein dazu publizierter Artikel ist der am fünfthäufigsten zitierte Artikel in „Clinical Chemistry“. Eine Anleitung zur praktischen Umsetzung der Guidelines in wissenschaftlichen Veröffentlichungen wurde 2010 unter Mitwirkung von Stefan Tögel in „BMC Molecular Biology“ publiziert. Dabei handelt es sich um eine Checklist, die zu einer akkuraten Verwendung der qPCR anleitet und mit deren Hilfe die Methodik exakt sowie transparent dokumentiert werden kann. „Allerdings halten sich viele ForscherInnen nach wie vor nicht an diese Guidelines, das zeigt das neue Paper“, so Tögel.

In der aktuellen Studie wurden 1.600 Publikationen in 80 Journalen (Impact-Faktoren zwischen 1,9 und 32,2) auf die Einhaltung der MIQE-Kriterien hin untersucht. Stefan Tögel wählte dafür das orthopädische Fachjournal „Osteoarthritis and Cartilage“. Das zentrale Ergebnis: Je höher der Impact-Faktor des Journals, also umso höher seine Bedeutung, desto geringer wurden die MIQE-Kriterien erfüllt. 2012 wurden die MIQE-Guidelines nur von rund sieben Prozent der Publikationen zitiert.

Tögel: „Dieses Ergebnis ist ein Appell an Wissenschaftler, Reviewer und Journale, die methodische Messlatte hoch zu legen. In der Wissenschafts-Community geht es ja auch darum, dass man einander mit Experimenten und Ergebnissen weiterhilft, dass jedes Paper die Basis für den nächsten Schritt ist. Ist die Methode aber fehlerhaft durchgeführt oder lückenhaft dokumentiert, funktioniert das nicht.“

Service: Nature Methods
„The need for transparency and good practices in the qPCR literature.“
Bustin SA, Benes V, Garson J, Hellemans J, Huggett J, Kubista M, Mueller R, Nolan T, Pfaffl MW, Shipley G, Wittwer CT,Schjerling P, Day PJ, Abreu M, Aguado B, Beaulieu JF, Beckers A, Bogaert S, Browne JA, Carrasco-Ramiro F, Ceelen L,Ciborowski K, Cornillie P, Coulon S, Cuypers A, De Brouwer S, De Ceuninck L, De Craene J, De Naeyer H, De Spiegelaere W,Deckers K, Dheedene A, Durinck K, Ferreira-Teixeira M, Fieuw A, Gallup JM, Gonzalo-Flores S, Goossens K, Heindryckx F,Herring E, Hoenicka H, Icardi L, Jaggi R, Javad F, Karampelias M, Kibenge F, Kibenge M, Kumps C, Lambertz I, Lammens T,Markey A, Messiaen P, Mets E, Morais S, Mudarra-Rubio A, Nakiwala J, Nelis H, Olsvik PA, Pérez-Novo C, Plusquin M, Remans T, Rihani A, Rodrigues-Santos P, Rondou P, Sanders R, Schmidt-Bleek K, Skovgaard K, Smeets K, Tabera L, Toegel S, Van Acker T, Van den Broeck W, Van der Meulen J, Van Gele M, Van Peer G, Van Poucke M, Van Roy N, Vergult S, Wauman J, Tshuikina-Wiklander M, Willems E, Zaccara S, Zeka F, Vandesompele J. Nat Methods. 2013 Oct 30;10(11):1063-7. doi: 10.1038/nmeth.2697. Link: http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n11/full/nmeth.2697.html.

Weitere Publikationen
„MIQE précis: Practical implementation of minimum standard guidelines for fluorescence-based quantitative real-time PCR experiments.“
Bustin SA, Beaulieu JF, Huggett J, Jaggi R, Kibenge FS, Olsvik PA, Penning LC, Toegel S.
BMC Mol Biol. 2010 Sep 21;11:74. doi: 10.1186/1471-2199-11-74.

„The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments.“ Bustin SA, Benes V, Garson JA, Hellemans J, Huggett J, Kubista M, Mueller R, Nolan T, Pfaffl MW, Shipley GL, Vandesompele J, Wittwer CT. Clin Chem. 2009 Apr;55(4):611-22. doi: 10.1373/clinchem.2008.112797.

Kontaktmöglichkeit:
Stefan Tögel
Karl Chiari Lab for Orthopaedic Biology
Universitätsklinik für Orthopädie der MedUni Wien
0043 1 40400 4098
stefan.toegel@meduniwien.ac.at
www.meduniwien.ac.at/ortho-biology