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MPM6 Bioinformatik und Genom-Medizin

Molekulare Präzisionsmedizin basiert auf dem technologischen Fortschritt, der Hochdurchsatz-Profilerstellung von Genomen, Epigenomen, Transkriptomen, Proteomen und Metabolomen ermöglicht. Die Analyse und Interpretation solcher Datenmengen erfordert fundiertes Wissen in den Bereichen Bioinformatik und angewandte Statistik. Dieses Modul vermittelt die notwendigen Kenntnisse für die entsprechende Verarbeitung großer Datenmengen.


Modul-Überblick

In Modul 6 werden wir über die Relevanz und Rolle von Berechnungsmethoden in der molekularen Präzisionsmedizin sprechen. Wir entwickeln unsere Programmierkenntnisse in einer weit verbreiteten Programmiersprache, machen uns mit den grundlegenden Konzepten und Werkzeugen der angewandten Statistik vertraut, die zur Analyse biomedizinischer Daten benötigt werden und untersuchen, wie Hochdurchsatzdaten im Kontext der molekularen Präzisionsmedizin analysiert und interpretiert werden.

Wir beschäftigen uns mit der Bedeutung guter Praxis in der computergestützten Forschung, einschließlich Reproduzierbarkeit und dem Konzept der offenen Wissenschaft. Wir werden das selbständige Arbeiten lernen, damit wir bei der Analyse von biomedizinischen Datensätzen, wie sie in der Masterarbeit vorkommen könnten, autark werden, während wir gleichzeitig effektives Arbeiten in interdisziplinären Teams lernen, die auch Datenproduzenten und Datenanalysten umfassen.

Dieses Modul bietet eine Kombination aus traditionellen Vorlesungen, computergestützten Übungen und Gruppenarbeit in Seminaren. Wir werden lernen, wie sich andere in regelmäßigen Journal Clubs informiert haben, wir reproduzieren, was andere in der Praxis erarbeitet haben und werden unsere eigene Methodik zur Datenwissenschaft entwickeln. Im letzten Teil dieses Moduls werden wir uns mit Pharmako-Informatik und strukturbasiertem Wirkstoffdesign beschäftigen.

Zu den Lehrenden gehören Forscherinnen und Forscher der Max Perutz Labs, der Medizinischen Universität Wien, der Universität Wien, der Österreichischen Akademie der Wissenschaften (CeMM Forschungszentrum für Molekulare Medizin; IMBA - Institut für Molekulare Biotechnologie) sowie Gastdozenten führender nationaler und internationaler Forschungseinrichtungen.


Modul-Koordinatoren

Christoph Bock

Christoph Bock ist Principal Investigator am CeMM Forschungszentrum für Molekulare Medizin der Österreichischen Akademie der Wissenschaften und Professor für [Bio]Medizinische Informatik an der Medizinischen Universität Wien. Seine Forschung kombiniert experimentelle Biologie (Hochdurchsatz-Sequenzierung, Epigenetik, CRISPR-Screening, synthetische Biologie) mit Methoden der Informatik (Bioinformatik, maschinelles Lernen, Artificial Intelligence) – im Kontext von Krebs, Immunologie und Präzisionsmedizin.

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Gerhard Ecker

Gerhard Ecker ist Professor für Pharmakoinformatik und Leiter der Forschungsgruppe Pharmakoinformatik am Institut für Pharmazeutische Chemie der Universität Wien. Er koordiniert den Forschungsschwerpunkt „Computational Life Sciences“ der Fakultät für Lebenswissenschaften. Seine Forschungsschwerpunkte liegen im Bereich des computergestützten Wirkstoffdesigns, mit besonderem Augenmerk auf Wirkstoff-Transporter-Interaktion und in silico Sicherheitsbewertung.

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